История факультета «Агроинженерия и гидромелиорация» тесно связана с историей института, а в городе Андижане факультет начал действовать в 1960 году как филиал Ташкентского института инженеров ирригации и механизации сельского хозяйства. В 1964 году, когда на базе филиала был основан Андижанский хлопковый институт, в его состав входили факультеты «Механизация сельского хозяйства» и «Гидромелиорация».
С сентября 1997 года оба факультета были объединены и получили название «Агроинженерный». С 2004 года в соответствии с решением Кабинета Министров Республики Узбекистан, после преобразования факультета «Механизация сельского хозяйства», из филиала в самостоятельный институт, согласно приказу Министерства сельского хозяйства № 135 от 29 августа 2020 года создан и действует факультет «Агроинженерия и гидромелиорация».
До сих пор в состав профессорско-преподавательского состава входили Н. Сабликов, А. Абросимов, З. Носиров, У. Каримов, Х. Д. Кадыров, И. Мирзаев, А. Хакимов, К. Касимов, А. Азизов, Н. Саматов, Б. Деканами работали Турсунов, Р.Абдирахмонов, А.Хамракулов, Д.Абдуллаев, А.Худояров
.In addition to the deans who worked for the formation and development of the Faculty of «Agroengineering and Hydromelioration» in different years, professor T.S. Khudoyberdiyev, associate professors A. Sattarov, Sh. Qurbanov, N. Mavlonov, A. Abdullaev, G. Rakhmonov, K. Aliyev, A. Datkhaboyev, T. .Abdurakhimov, A.Dadakhodjaev, Z.Turgunov, B.Baltaboyev, A.Saidov, senior teachers A.Yusupov, A.Dolimboyev, K.Askarov, O.S.Sodikov, N.R.Raimjonov, A.Khojimatov, M.Juraev . Many professors and teachers have made valuable contributions.