Отдел «Внутреннего контроля и мониторинга» несет ответственность за реализацию задач, предусмотренных национальной программой подготовки кадров, внедрение нормативных документов и методических указаний в учебный процесс, а также рассмотрение приказов и решений по Институту, и был создан с целью контроля за выполнением их в срок. Деятельность отдела «Внутреннего контроля и мониторинга» утверждена приказом Министерства высшего и среднего специального образования Республики Узбекистан от 29 августа 2001 года № 207 в соответствии с уставом об осуществлении «Мониторинга реализации Национальной программы внутреннего контроля высшего образования и подготовки кадров». Отдел контролирует выполнение Национальной программы подготовки кадров в институте, учебно-методическую, духовно-воспитательную, научно-исследовательскую, исполнительскую дисциплину, повышение квалификации и переподготовку кадров, контролирует исполнение решений правления и ученого совета, приказы института и нормативные документы в области образования. Отдел мониторинга и внутреннего контроля подчиняется непосредственно ректору института.
Задачи, связанные с контролем за выполнением национальной программы подготовки кадров, инспекции внутреннего контроля, действующими в высших учебных заведениях, с 2001 года называются отделом «Внутреннего контроля и мониторинга».
С 1997 года первым заведующим отдела был доцент А.А.Ходжиматов. В отделе работали 3 сотрудника, начальник (Хожиматов А.), заместители начальника (М.Карабоев, З.Зулунов, У.Нематов, С.Усмонов, И.Собиров, Э.Асронов, Р.Абдирахмонов). Т.Нуркозиева работает методистом с октября 1997 года по настоящее время.
С 2012 года в отделе работали заведующими (Дадаходжаев А., Мадазимов А., Нишонова Ю., Ийманов Ж., Турсунов И., Баратов Х., Юлдашева Т., Абдирахмонов Р., Ганиев Д.). В настоящее время заведующим работает У. Абдумаликов.
С 16 октября 2020 года отдел «Внутреннего контроля и мониторинга» Андижанского института сельского хозяйства и агротехнологий переименована в отдел «По работе, контролю и мониторинга с обращениями физических и юридических лиц».
В целях повышения качества работы с обращениями, поступающими от физических и юридических лиц, в 2023/2024 учебном году назначен ответственным 1- проректор по делам молодежи и духовно-просветительской работе Максуталиев Абдусалом Хасанович.
В настоящее время в данном отделе «По работе, контролю и мониторинга с обращениями физических и юридических лиц» работают 2 сотрудника (руководитель, методист). Улугбек Абдумаликов Зиедилл углы — заведующий отделением с 25.01.2024 на основании приказа ректора № 30-Л от 25.01.2024, Нуркозиева Таджихон Базаровна — методистка.