В 1964 году на базе филиала Ташкентского института инженеров ирригации и механизации сельского хозяйства был организован Андижанский институт хлопководства. В 1979 году на базе факультета Агрономия была создана кафедра «Защита растений», в дальнейшим уже в 2004 году по указу № 260-Л ректора института на основе двух самостоятельных кафедр образовали новую –«Агрохимия почвоведение и Защита растений».
По приказу министерства водного и сельского хозяйств № 183 от 3.12. 2012 года эта кафедра была переименовано в «Защита растений и карантин».
С 2017 года 10.08. была организована кафедра «Защиты растений и сельскохозяйственная фитопатология»
Кафедра «Защита растений и фитопатология сельского хозяйства» является специальностью кафедрой, на этапах учебного процесса проходят бакалавриат: дневная и заочная «Защита растений» (по культурам), Магистратура: «Защита растений (по методам),«Мониторинг и прогнозирование защиты растений » производит специалистов в своей области.
Согласно Постановлению Президента Республики Узбекистан от 12 июня 2020 года № ПП-4749, в 2020-2021 учебном году Андижанский филиал Ташкентского государственного аграрного университета Республики Узбекистан на основании государственного заказа параметры приёма следующие:
На кафедре преподаётся 14 видов дисциплин для студентов бакалавриата: сельскохозяйственная фитопатология, биологическая защита растений, болезни растений защищенного грунта, иммунитет растений, общая фитопатология и микробиология, болезни и вредители лекарственных растений, лесная биотехнология и микробиология, фитопатология, агробиотехнология, агробиотехнология, прогнозирования развития и распространения вредителей сельскохозяйственных культур.
12 видов дисциплин для студентов магистратуры: методика преподавания специальных предметов, технология размножения и применения биологических агентов, биологическая защита растений, системы защиты растений, основы биодоступности, диагностика и прогнозирование в защите растений, современные технологии в химической защите, химическая защита растений, вирусология и бактериология, микология и микробиология, прогнозирование распространения и развития сельскохозяйственных вредителей, парниковых болезней и вредителей.