“Agroinjeneriya va gidromelioratsiya” fakultetining tarixi institutning tarixi bilan chambarchas bog‘langan bo‘lib, fakultet 1960-yildan Toshkent irrigatsiya va qishloq xo’jaligini mexanizatsiyalash injenerlari instituti filiali sifatida Andijon shahrida faoliyat ko‘rsata boshlagan. 1964-yilda filial negizida Andijon paxtachilik instituti tashkil topganda uning tarkibida «Qishloq xo‘jaligini mexanizatsiyalash» va «Gidromelioratsiya» fakultetlari bo‘lgan.
1997-yilning sentyabr oyidan ikkala fakultetlar birlashtirilib, unga «Agroinjeneriya» nomi berildi. 2004 yildan O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining qaroriga binoan, «Qishloq xo‘jaligini mexanizatsiyalash» fakultetiga, filialdan mustaqil institutga aylantirilganidan so‘ng Qishloq xo‘jaligi vazirligining 2020-yil 29-avgustidagi 135-sonli buyrug‘iga binoan “Agroinjeneriya va gidromeloratsiya” fakulteti tashkil etilib, faoliyat olib bormoqda.
Shu kunga qadar fakultetga N.Sablikov, A.Abrosimov, Z.Nosirov, U.Karimov, X.Usmonov, T.Nasridinov, K.Ulug’xo’jayev, T.Igamberdiyev, O.Abduvohidov, S.Po’latov, D.Qodirov, I.Mirzaev, A.Xakimov, K.Qosimov, A.Azizov, N.Samatov, B.Tursunov, R.Abdiraxmonov, A.Xamraqulov, D.Abdullaev, A.Xudoyarovlar dekanlik lavozimida faoliyat olib borganlar.
“Agroinjeneriya va gidromeloratsiya” fakultetining shakllanishi va rivojlanishiga turli yillarda mehnat qilgan dekanlardan tashqari, professor T.S.Xudoyberdiyev, dotsentlar A.Sattarov, Sh.Qurbonov, N.Mavlonov, A.Abdullaev, G.Raxmonov, K.Aliyev, A.Datxaboyev, T.Abduraximov, A.Dadaxodjaev, Z.Turg’unov, B.Baltaboyev, A.Saidov, katta o‘qituvchilar A.Yusupov, A.Dolimboyev, K.Asqarov, O.S.Sodikov, N.R.Raimjonov, A.Xojimatov, M.Juraev, M.Mamajonov, A.Sultonov, A.Abdurasulov, K.Xolmatov, X.Siddikov, A.Maxmudov, K.Otaboyev, G‘.Ashurov, R.Maxkamov, D.Saidxo’jaeva, A.Isashov va boshqa ko‘plab professor-o‘qituvchilar munosib hissa qo‘shdilar.